Il est chargé par le Comité central des milices d’organiser les Colonnes armées.
Appliquant des principes libertaires, il insistera pour que les combattants restent sous le contrôle des syndicats et échappent aux ambitions politiciennes.
Comme beaucoup de responsables anarchistes, Santillan porte, par dessus sa tenue civile, l’ensemble ceinturon-baudrier et pistolet automatique confisqué à un officier.